O “Programa de Aperfeiçoamento de Ensino foi regulamentado em 2005, e destina-se a alunos matriculados nos cursos de mestrado e doutorado da Universidade de São Paulo. Tem como objetivo aprimorar a formação didática do pós-graduando, através do contato direto com o ensino de graduação. É realizado em duas etapas: Preparação Pedagógica e Estágio Supervisionado em Docência. A Preparação Pedagógica corresponde a uma disciplina cujo conteúdo volta-se para aspectos do ensino superior. O Estágio Supervisionado em Docência é realizado em disciplinas de graduação ministradas na USP. Ao final do estágio, atribui-se um certificado e créditos aos pós-graduandos com bom desempenho. O cumprimento desse programa é obrigatório para os beneficiários de Bolsa CAPES e opcional para os demais pós-graduandos. Ainda assim, mais de 70% dos estudantes de Pós-Graduação do Programa de Biologia Celular e Molecular se engajam em atividades do PAE.
No quadriênio (2017-2020) um total de 30 estudantes do Programa realizaram o PAE (média de 7.5 por ano), sendo que 24 de forma remunerada. Beneficiam-se dessas atividades tanto os estudantes de pós-graduação (pelo treinamento em ensino) como os alunos de graduação (pela cobertura em aulas práticas, seminários, estudos dirigidos e pela possibilidade de revisões da matéria em períodos de provas).
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